Mozart escribió la sinfonía n.º 40 durante un período de su vida extraordinariamente creativo, el verano de 1788. En el espacio de unas pocas semanas compuso también sus sinfonías n.º 39 (terminada el 26 de junio) y n.º 41 (finalizada el 10 de agosto.3 Se ha especulado que preparaba estas obras para un futuro viaje a Inglaterra, que nunca ocurrió.
Como ocurre con la Sinfonía n.º 41, no existe ninguna prueba documental de que la obra llegara a estrenarse en vida del compositor. Con todo, como señala Zaslaw (1983), la información de que se dispone parece indicar que sí se estrenó. En diversas ocasiones antes de la muerte de Mozart se realizaron conciertos sinfónicos con su música, y de algunos de ellos han sobrevivido los programas. En algunos, se incluye una sinfonía "desconocida", de la que no se indican ni datos ni tonalidades.
